Ваши опасения обоснованы: макролиды (джозамицин) и бета-лактамы (амоксициллин/клавуланат) действуют по-разному — макролиды замедляют размножение бактерий, а пенициллины эффективны именно на растущих, активно делящихся микробах. При одновременном приёме эффект пенициллинов может ослабляться, поэтому классическая рекомендация — не сочетать эти группы, а применять их последовательно, курс за курсом.
В вашей ситуации логичнее было бы выбрать один препарат, ориентируясь на выявленного возбудителя: если основная цель — лечение хламидийной инфекции, то препаратом выбора обычно является джозамицин, а необходимость амоксиклава нужно уточнить отдельно, возможно он назначен для сопутствующей флоры, тогда курсы стоит развести по времени, а не принимать параллельно.
Самостоятельно менять схему не рекомендую — обязательно свяжитесь с назначившим врачом, расскажите о своих сомнениях и уточните, действительно ли нужны оба препарата одновременно, либо стоит скорректировать порядок приёма (например, завершить один курс, потом начать другой). Пока ждёте ответа врача, продолжайте принимать то, что назначено, не прерывайте лечение резко, но постарайтесь получить очную консультацию как можно скорее, особенно если есть сомнения в диагнозе и подборе терапии смешанной инфекции.